만성 설사의 원인으로는 여러 가지를 생각해 볼 수 있습니다. 대표적으로는 다음과 같은 원인이 있으며 치료법은 원인을 제거하는 것입니다.

· 항생제를 사용한 경우
· 요로감염이나 폐렴 또는 중이염이 있을 때 생기는 설사
· 과식이나 과농도의 우유, 부적절한 이유식 · 매우 드물지만 단백질 영양부족
· 우유 알레르기 · 면역결핍증이 있을 때
· 중금속 등에 중독되었을 때