세균성이질 환자는 설사가 멈출 때까지 격리시켜야 합니다.

소량의 균으로도 감염이 일어날 수 있으므로 장관배설물의 위생적 관리를 요하며, 감염된 환자의 경우 식품취급, 탁아, 환자간호를 금해야 합니다. 대변과 오염된 물건에 대한 철저한 소독이 요구됩니다.

유행시에 예방적 항생제 치료는 추천되지 않으며, 배변 후 손씻기의 중요성을 충분히 홍보할 필요가 있습니다.

예방접종 백신은 개발이 시도되었으나 아직 유용한 백신은 없습니다.