대부분의 항암화학요법제는 부작용을 동반합니다. 그러나 이러한 부작용들 때문에 사용에 제한점이 많아 최근에 새로 개발되는 항암화학요법제들은 부작용이 개선된 것들이 많습니다.

그렇지만 부작용이 전혀 없는 항암제는 아직까지는 없다고 보아야 하고, 새로운 약제들은 약값이 비싸고, 의료보험 적용이 제한된다는 게 단점이라고 할 수 있습니다.