수술적 제거 방법에는 크게 전신 마취 하에서 개복 수술과 내시경을 이용한 복강경 수술이 있는데 복강경 수술은 개복 수술에 비해 짧은 입원 기간, 빠른 회복, 적은 합병증이나 수술 상처 등의 여러 장점으로 최근에 많이 시행되고 있습니다.

조직검사상 양성으로 확실히 판명되면 낭종만 제거하거나 낭종이 발생한 쪽의 부속기 (난소, 나팔관)를 제거하고 반대측 난소와 자궁은 제거하지 않습니다.